تخم هندوانه منبع خوبی از اسید فولیک است که به نام ویتامین B9 نیز شهرت دارد. اسید فولیک برای عملکرد مناسب مغز ضروریست. زنان باردار باید اسید فولیک کافی دریافت کنند چون کمبود آن می‌تواند منجر به نقص لوله‌ی عصبی در نوزاد شود. اسید چرب سالم موجود در تخم هندوانه، عملکرد فرارسان‌های عصبی را تقویت کرده و در نتیجه باعث بهبود حافظه و مهارت‌های ادراکی می‌شود. پتاسیم موجود در این دانه‌ها نیز به مهارت تفکر و قابلیت یادآوری خاطرات کمک می‌کند. دانه‌های ریز هنداونه غنی از آنتی اکسیدان‌هایی هستند که از سلول‌های مغز در برابر آسیب‌های رادیکال آزاد محافظت می‌کنند.