دو علت شایع برای کوتاهی قد وجود دارد. علت اول کوتاهی قد ژنتیک است. در این حالت کودک کوتاه قد است زیرا پدر و مادر کوتاه قد بوده‌اند. بررسی‌های آماری نشان می‌دهد فرزندان پدر و مادران کوتاه قد شانس بیشتری برای قد بلندی دارند، اما زمانی که یک والد کوتاه و دیگری بلند باشد چون ژن کوتاهی غالب است احتمال کوتاهی قد فرزند آنها بیشتر است. در این کودکان رشد طبیعی است و سن استخوانی کودک نسبت به سن تقویمی عقب نیست. سن استخوانی در واقع نشان‌دهنده سن بیولوژیک واقعی کودک است. کم‌کاری تیرویید، کمبود هورمون رشد، سوءتغذیه و بیماری‌های دستگاه گوارش می‌تواند عامل عقب افتادن سن استخوانی نسبت به سن تقویمی کودک باشد.
دومین علت شایع کوتاهی قد نیز تاخیر سرشتی در رشد است. در این کودکان از سن دو سالگی کوتاهی قد دیده می‌شود و این در حالی است که پدر و مادر کوتاه قد نیستند. سرعت رشد کودک در سال تقریبا طبیعی است ولی سن استخوانی عقب است. بلوغ در این کودکان با تاخیر همراه است. علاوه براین دو علت شایع، علل دیگری مانند بیماری عمومی مانند سوءتغذیه، کمبود ویتامین‌های دی و کلسیم که موجب نرمی استخوان می‌شوند، بیماری سلیاک، بیماری‌های مزمن مانند کم‌خونی، بیماری‌های التهابی و... نیز می‌توانند موجب کوتاهی قد شوند.