ویروس آنفلوانزا سندروم‌های متعددی از آلودگی‌های بدون علامت تا آلودگی خفیف دستگاه تنفسی فوقانی و کاهش تولید تخم، و بیماری عمومیت یافته با علائم تنفسی، رال (خس خس سینه)، ریزش اشک، سینوزیت، سیاه شدن قسمت‌های بدون پر مانند تاج و ریش، تورم سر و صورت، ژولیدگی پرها، اسهال، و بروز درگیری سیستم عصبی همراه با مرگ سریع را در پرندگان ایجاد می‌کند. دوره نهفتگی در اشکال مختلف بیماری متفاوت و بین چند ساعت تا ۳ روز در یک پرنده و در یک گله تا ۱۴ روز است. طول این دوره به میزان آلودگی ویروسی، راه عفونت، گونه پرنده، قدرت بیماری زایی ویروس و عوامل محیطی مانند گرد و غبار و آمونیک بستگی دارد. بیماری آنفلوانزا فوق حاد در طیور تخمگذار و مادر شروعی ناگهانی و دوره‌ای کوتاه بین ۳ تا ۷ روز دارد